Zawansowane opcje ClustalW
- Wyrównanie:
Użytkownik może zdecydować się na uruchomienie pełnego dostosowania lub przy użyciu algorytmu do generowania rygorystyczne drzewa przewodnika lub szybkiego algorytmu.
- Realizacja:
Tutaj zdecydujesz, które realizację formatu chcemy przenieść twoją wielokrotnie dopasowaną sekwencje. Dostępne opcje to ALN, GCG, PHYLIP, PIR i GDE.
- Outorder:
Postanawić w którym porządku ciągi powinny być opublikowane w prostej linii.
- Pierwsze pairwise alignment options:
- KTUP - Ta opcja pozwala wybrać, które "słowo długości" gdy obliczamy szybkie Pairwise dopasowania. (Uwaga: upewnij się, że
wybrałeś "szybki" w dopasowaniu.
- Window - Użyj tej opcji, aby ustawić okno przy obliczaniu długości szybkiego
Pairwise dopasowania. (Uwaga: upewnij się, że wybrano "szybki"
w dostosowywaniu.
- Ocena -Ta opcja pozwala zdecydować, która ocena uwzględnienia
przy obliczaniu szybkie dostosowanie Pairwise. (Uwaga: należy się upewnić że wybrałeś
"szybki" w dostosowywaniu.
- Topdiag - Wybierz tutaj ile linii przekątnych powinny być włączone, gdy
obliczania Pairwise szybkie dostosowanie. (Uwaga: upewnij się, że
wybrany "szybki" w dostosowywaniu.
- Paigap - Wybierz tutaj, aby ustawić kary podczas generowania szybiego Pairwise dopasowania.
- Matrix:
Ta opcja pozwala Ci na wybór matrycy serii do wykorzystania podczas tworzenia wielu sekwencji dopasowania. Program przechodzi do wybranej matrycy serii, obejmującej pełen zakres odległości aminokwasów.
- BLOSUM (Henikoff) - Macierze te wydają się być
najlepsze z dostępnych do przeprowadzania bazy podobieństwa wyszukiwania. Matryc są: Blosum80, 62,
40 i 30
- PAM (Dayhoff) - Zostały one bardzo szeroko
używane od późnych lat 70. Używamy PAM 120, 160, 250 i
350 matryc..
- GONNET - Macierze te zostały uzyskane przy użyciu prawie
takiej samej procedury jak Dayhoff jednego (powyżej), ale są znacznie
bardziej aktualne i oparte są na znacznie większy zestaw danych.
Te wydają się być bardziej wrażliwe niż Dayhoff serii.
Używamy GONNET 40, 80, 120, 160, 250 i 350 matryc.
- Przerwy:
- Otworzenie przerwy - Można ustawić tutaj kary otwarcia luki. Wartość domyślna to 10.
- Nie zamknięcie przerwy -Ustaw tę wartość tak, aby wykluczyć nie zamknięcie przerwy.
Domyślna wartość jest tak..
- Gapext - Można ustawić tutaj kary za rozszerzenie przerwy. Wartość domyślna to 0.05.
- Gapdist - Można ustawić tu przerwy separacji kary. Wartość domyślna to 8.
- Iteracje
Maksymalna liczba powtórzeń, aby wykonać.
- Numiter
Usunięcie pierwszej iteracji system został dodany. Może to wykorzystać do poprawy końcowego
dopasowania lub poprawić dostosowanie na każdym etapie stopniowego wyrównania. Podczas
iteracji każdy krok sekwencji jest usuwany i przeprojektowany. Jeżeli
wynikiem dostosowania
jest lepsze niż poprzednie dopasowanie to jest ono przechowywane. Ten proces jest
powtarzany do momentu, gdy wynik
oceny jest zbieżny (wynik nie jest lepszy) lub do maksymalnej liczby interakcji jest osiągnięty. Użytkownik może na każdym kroku stopniowo dostosować poprzez ustawienie
iteracji parametru DRZEWO lub po prostu na ostateczne dostosowania przez wybranie
iteracji ustawianiem parametrów. W domyślnie nie ma iteracji. Maksymalna liczba
powtórzeń może być ustalona za pomocą parametru numiter. Domyślna liczba powtórzeń to 3.
- Clustering
NJ lub UPGMA. NJ lub UPGMA. W UPGMA algorytm został dodany w celu umożliwienia
szybszej budowy drzewa. Użytkownik ma teraz do wyboru za pomocą "Sąsiad Łączenie" lub UPGMA. Domyślnie jest to jeszcze NJ, ale użytkownik może zmienić to ustawienie poprzez parametr clusteringu.
Będziemy następnie patrzeć na kilka użytecznych odniesień ClustalW2 >>> |
